Pulau Sebatik awalnya hanya berbentuk desa dengan dua desa induk yaitu : Desa Setabu dan Desa Sungai Pancang yang masuk ke dalam wilayah Kabupaten Bulungan, kemudian statusnya berubah dari desa menjadi kecamatan pada tahun 1997. Pada tahun 1999 Kabupaten Bulungan dimekarkan menjadi tiga kabupaten yaitu: Kabupaten Bulungan, Kabupaten Nunukan, dan Kabupaten Malinau.

Kabupaten Nunukan sebagai daerah otonomi yang terbentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 47 Tahun 1999, telah beberapa kali melakukan pemekaran wilayah kecamatan. Khusus Kecamatan di Pulau Sebatik, telah 2 (dua) kali dimekarkan, yaitu berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor : 03 tahun 2006 tentang Pembentukan Kecamatan Sebatik Barat dalam Wilayah Kabupaten Nunukan, dan pada tahun 2011 pulau Sebatik kembali dimekarkan dari 2 (dua) kecamatan menjadi 5 (lima) kecamatan, dengan dibentuknya Kecamatan Sebatik Timur, Sebatik Utara dan Sebatik Tengah. Pemekaran ini terbentuk dengan disahkannya Peraturan Daerah Nomor 25 Tahun 2011 tentang Pembentukan Kecamatan Sebatik Timur, Sebatik Utara dan Sebatik Tengah di Lingkungan Pemerintah Kabupaten Nunukan yang ditetapkan pada tanggal 10 Agustus 2011 yang ditindak lanjuti dengan pengisian Struktur Pemerintahan Kecamatan pada pelantikan tanggal 27 Desember 2011 berdasarkan Keputusan Bupati Nunukan Nomor : 821.2/1992/BKDD-III/X/2011. Sehingga sampai dengan akhir tahun 2011, jumlah kecamatan di Pulau Sebatik adalah sebanyak 5 kecamatan yaitu:

1. Kecamatan Sebatik dengan ibukota Tanjung Karang
2. Kecamatan Sebatik Barat dengan ibukota Binalawan
3. Kecamatan Sebatik Timur dengan ibu kota Sei Nyamuk
4. Kecamatan Sebatik Utara dengan ibukota Sei Pancang
5. Kecamatan Sebatik Timur dengan ibukota Aji Kuning

Sebagai salah satu wilayah pemekaran baru, Kecamatan Sebatik Timur sangat membutuhkan perhatian yang lebih dari pemerintah. Beberapa wilayah di Kecamatan Sebatik Timur masih sangat memerlukan perhatian khusus berupa sarana prasarana jalan, irigasi, dan penerangan. Sejalan dengan hal tersebut, Pemerintah Pusat saat ini melalui “Nawa Cita” Presidan Joko Widodo menekankan bahwa pembangunan harus dimulai dari Pinggiran Indonesia yakni wilayah perbatasan negara yang salah satunya adalah Kecamatan Sebatik Timur.