Desa Sungai Nyamuk dimulai pada tahun 1995 hasil dari Pemekaran Desa Pancang Kecamatan Penghubung Kecamatan Sebatik Kabupaten Bulungan, Provinsi Kalimantan Timur. Pada tahun 1995 Bapak Abidin Tajang. SH telah di lantik Sebagai Kepala Desa Persiapan Sungai. Nyamuk Selama ± 3 Tahun. 

Pada tahun 2010 desa Sungai. nyamuk di mekarkan menjadi 2 (Dua) Desa yakni desa Sungai nyamuk dan desa tanjung harapan. Pada saat perjuangan pembentukan desa pemekaran ini, pihak kecamatan dan kabupaten memberikan beberapa syarat antara lain fasilitas desa berupa sarana pendidikan, sarana kesehatan, dan sarana penunjang lainnya. Setelah memenuhi kreteria tersebut maka pihak kabupaten memberikan surat keputusan Desa Sungai Nyamuk mekar menjadi 2 (dua) dan terbentuk secara resmi pada tanggal 08 Maret 2010.

Desa Sungai.Nyamuk merupakan nama pemberian dari para leluhur yang pertama membuka Desa Sungai Nyamuk yang pada awal mulanya didesa tersebut nyamuk sungguh luar biasa baik pada siang hari lebih-lebih pada malam hari dan nyamuknya besar-besar, sehingga nama desa disebut sebagai SEI. NYAMUK. Desa Sungai Nyamuk sesuai dengan Luas Wilayahnya Keseluruhan Wilayah Desa yaitu 1400 Hektar.