Pada tahun 1968 datanglah keluarga besar H. Abdul Rahim perantau dari Sulawesi selatan yang terdampar di Pulau Sebatik tepatnya di Sungai Pancang, kemudian membuka lahan perkebunan untuk bertahan hidup keluarganya. Setelah beberapa tahun kemudian mulailah berdatangan orang-orang dari Sulawesi Selatan dan membentuk Kelompok-kelompok yang akhirnya menjadi Kampung. 

Pada tahun 1973 mulailah terbentuk sebuah Desa dengan nama Desa Pancang Kecamatan Nunukan Kabupaten Bulungan dan Tanjung Aru adalah sebuah Dusun yang diberi nama sendiri sesuai dengan keadaan setempat yaitu daratannya berbentuk tanjung dan disepanjang pantai terdapat beberapa pohon waru.

Desa Tanjung Aru Kecamatan sebatik Timur Kabupaten Nunukan Provinsi Kalimantan Timur yang sebelumnya adalah hasil pemekaran dari Desa Pancang dengan Status Desa Persiapan dan ditunjuk Bapak M. Sadik Massalesse sebagai Kepala Desa Persiapan dengan SK Gubernurnya KDH TK-I Kalimantan Timur Nomor: 12 tahun 1975 tertanggal 10 Maret 1995, kemudian penetapan Desa definitif dengan SK Gubernur KDH TK-I Kalimantan Timur Nomor 17 tahun 1996 tertanggal 26 September 1996.

Dan pada tahun 1998 telah dilaksanakan pemilihan kepala Desa secara langsung oleh masyarakat setempat, dan yang terpilih adalah Bapak Abdul Munthalib sampai tahun 2007. Desa Tanjung Aru berbatasan langsung dengan Laut Ambalat dan Sabah Malaysia dengan panjang pantai + 525 km dengan luas keseluruhan wilayah desa yaitu 727,78 Hektar.