Jika dilihat dari batas-batas wilayah dan posisinya, Kecamatan Sebatik Timur memiliki batas wilayah sebagai berikut :

1. Sebelah Timur dengan Sabah – Malaysia Timur dan Laut Sulawesi;
2. Sebelah Barat dengan Kecamatan Sebatik dan Sebatik Tengah;
3. Sebelah Selatan dengan Kecamatan Sebatik; dan
4. Sebelah Utara dengan Kecamatan Sebatik Utara dan Sabah – Malaysia Timur

Pulau Sebatik memiliki topografi pantai yang datar dan ditumbuhi oleh vegetasi mangrove. Wilayah tengah merupakan daerah pegunungan, disamping merupakan hutan sekunder juga telah diusahakan oleh penduduk untuk perkebunan kelapa sawit, sedangkan wilayah dataran rendah dibagian tengah telah diusahakan penduduk sebagai sawah tadah hujan. Berdasarkan satuan geologi lingkungan Kecamatan Sebatik Timur tersusun atas 3 (tiga) satuan geologi, yaitu:

1. Satuan Geologi daerah bergelombang hingga dataran; daerah ini menempati wilayah seluruh pesisir, tanahnya tersusun atas endapan alluvial pantai dan sungai, seperti Pasir, Kerikil, kerakal, lempung dan lanau, serta batuan sedimen dari formasi Sajau dan Sembakung (Kombinasi antara batu pasir, batu lempung, serpih dan batu bara);
2. Satuan Geologi Lingkungan perbukitan berelief terjal hingga pegunungan, tanah penyusunya terdiri atas batu kuarsa feldspar, argilit, batu gamping yang disisipi lapisan tipis batu lempung, batu lanau, konglomerat dan serpi Daerah ini merupakan daerah resapan utama pensuplai air tanah terhadap lapisan akuifer di sekitarnya;
3. Satuan Geologi lingkungan kerucut intrusi; satuan geologi ini tersusun atas batuan beku andesit dan diorite. Batuan ini sangat riskan terhadap proses pelapukan, batuan ini dimanfaatkan oleh penduduk untuk bahan galian bangunan.

Kondisi iklim di Pulau Sebatik hampir sama dengan di Kabupaten Nunukan yaitu curah hujan tahunan berkisar antara 2,280 mm dengan bulan basah (bulan dengan curah hujan > 200 mm) terjadi pada bulan Mei, Juni, Oktober dan Desember dan tanpa mengalami bulan kering (bulan dengan curah hujan < 100 mm), suhu udara rata-rata 27,80C, suhu udara terendah 22,90C yang jatuh pada bulan Agustus, dan tertinggi 33,00C yang jatuh pada bulan April. Kelembapan udara berkisar antara 40-100%, kecepatan angin rata-rata 0,5 knot, penyinaran matahari ratarata 58,5%, terendah jatuh pada bulan Juni sebesar 44%, dan tertinggi 76% yang jatuh pada bulan April.

Di wilayah Sebatik Timur juga dikenal beberapa instansi pemerintahan baik instansi vertikal maupun unit kerja Pemerintah Daerah yang membidangi urusan tertentu. Instansi maupun unit kerja dimaksud sebagaimana disajikan pada
tabel berikut :